ENIKA powstała na początku 1992 roku jako firma zajmująca się projektowaniem i montażem systemów automatyki przemysłowej. W 1993 roku rozpoczęto pierwsze dostawy dla rynku kolejowego, a rok później także dostawy przetwornic DC/DC o mocy 1,5 kW przeznaczonych do zasilania obwodów pomocniczych w tramwajach.
Od początkowo niewielkich urządzeń firma stopniowo przechodziła do bardziej zaawansowanych technologicznie i wydajniejszych rozwiązań. Oprócz dalszego rozwoju przetwornic spółka rozpoczęła również prace nad układami napędowymi. W krótkim czasie zaprezentowano pierwszy polski napęd asynchroniczny dla tramwajów (2005), a następnie także dla trolejbusów.
W kolejnych latach firma systematycznie rozszerzała swoje portfolio produktów. Rosnąca produkcja wymagała budowy nowego zakładu, który do 2020 roku był kilkukrotnie rozbudowywany. W 2015 roku spółka zaprezentowała pierwszy układ elektryczny dla elektrobusu, a w 2019 roku rozwiązanie dla autobusów wodorowych. Istotnym krokiem było również rozpoczęcie produkcji stacji ładowania dla elektrobusów w 2015 roku oraz dostarczenie pierwszej własnej jednostki klimatyzacyjnej dla przestrzeni pasażerskiej tramwajów w 2016 roku.
Oprócz rynku polskiego spółce udało się również wejść na rynki zagraniczne. Urządzenia ENIKA można znaleźć między innymi w Niemczech, Austrii, Francji, Czechach, Chorwacji, na Ukrainie, a także w Tadżykistanie czy na Filipinach.
Produkty spółki były wielokrotnie nagradzane za innowacyjność oraz wysoki poziom techniczny w konkursach organizowanych podczas targów TRAKO
ENIKA jest członkiem-założycielem Polskiej Izby Kolei oraz od 1999 roku również członkiem Izby Gospodarczej Komunikacji Miejskiej.
Od 2024 roku ENIKA jest częścią międzynarodowej grupy MEDHA Group.